出資不清晰、資產權屬不明確、個人財產和公司財產混同
很多公司在原有門店、廠等個體工商戶或者其他形式經營后整體資產注入后登記設立的，但是在設立之初，很多投資人并不清楚非貨幣資產出資的概念和操作方法，往往在工商局登記為貨幣出資草草注冊成立。
這樣的做法存在的問題就是：
（1）公司價值被低估，實際投入公司的各項財產價值未能被計算在內；
（2）投資人重復履行出資義務，甚至在進行股權交易時面臨補繳出資的責任；（3）公司財產和個人財產，以及原投資主體財產混同，難以區分，甚至導致投資人對公司債務承擔連帶責任。
尤其是公私財產混同。根據《公司法》的規定，有限責任公司具有獨立的法人地位，以公司財產對外承擔責任，擁有股東身份的投資人也僅僅以己方在公司的出資額為限承擔責任。對于投資人來講，公司就是天然的投資風險隔離屏障，但是很多投資人并不是很清楚這一點，往往存在出資不實、股東財產和個人財產混同的情況，公司一旦資不抵債，個人也因此被主張連帶責任，陷入困境。
正確的方法是，在公司設立時將投資人注入的非貨幣資產進行資產評估，合理確定資產評估價值，再以非貨幣資產出資入股的方式履行出資義務、進行工商變更登記，以及非貨幣資產的交付與產權變更登記（如果存在產權登記的情況）。必要時可以委托專業機構出具驗資報告。這樣的方法同樣也適用其他投資人以非貨幣資產出資入股設立公司或對公司增資擴股的情形。